La causa más frecuente por la que se requiere algún proceso de cirugía oral es la extracción de dientes retenidos que no han podido erupcionar de forma correcta.Es muy común la exodoncia del tercer molar (muela del juicio). Entre las muchas indicaciones para su exodoncia se encuentra la falta de espacio en la cavidad oral que permita su erupción.
También su orientación anómala (que puede producir daños en los dientes vecinos o apiñamientos dentarios). Otro motivo para intervenir son los problemas de inflamación de la encía por una erupción incompleta. Esto suele llevar a una infección crónica en los tejidos circundantes. Una intervención frecuente en niños es la tracción de dientes retenidos. En estos casos, se consigue llevar el diente que no ha erupcionado por sí mismo a su posición ayudándonos de la ortodoncia.
La cirugía oral también abarca la extracción de quistes y tumores benignos situados en el interior del maxilar superior o de la mandíbula, que son bastante frecuentes. Este tipo de lesiones presenta una etiología muy diversa: causada por infecciones latentes de dientes en mal estado, dientes retenidos en el hueso o de estructuras embrionarias. Otros casos que requieren cirugía oral son en ciertos tratamientos periodontales, eliminar frenillos, regeneración de hueso,etc.